아픈 기억만을 지워준다는 라쿠나사를 찾아가 헤어진 애인 클레멘타인과의 기억을 지우기로 결심한 조엘은 기억이 사라져갈수록 사랑이 시작되던 그 순간을 놓치고 싶지 않아진다.